公益法人への寄附の取扱いが分かりません

個人が土地や建物などの資産を法人へ贈与（寄附）したときにはこれらの資産は寄附したときの価額（時価）で譲渡があったものとみなされるため、これらの資産を得たときから寄附したときまでの値上がり益に所得税が課されます。例えば個人が1000万円で購入した時価1億円の土地を法人に寄付する場合にはこれに所得税がかかるとは普通考えられませんが、税金の計算上では一度法人等に時価1億円で土地を売ってその売却代金を法人に対して寄附したとみなされます。よってこの際にかかる税金は、｛（1億円－1000万円）×20％｝で約1800万円となります（復興特別所得税を考慮しない場合）。
ただし、これらの資産を公益法人等｛公益社団法人、公益財団法人、特定一般法人（法人税法に掲げる一定要件を満たす法人）およびその他の公益を目的として事業をおこなう法人（社会福祉法人、学校法人など）｝に寄付した際に、その寄付が一定の要件を満たす（教育や科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄附することなど）ものとして国税庁長官の承認をうけたときにはこの所得税について非課税とする制度があります。なお、国税庁長官の承認には以下のすべての要件を満たす寄附でなければなりません。
・寄附が教育や科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄附すること
・寄附財産がその寄付日から2年以内に寄付をうけた法人の公益を目的とする事業の用に直接供されること
・寄附により寄附した人の所得税の負担を不当に減らすまたは寄付した人の親族その他これらの人と特別の関係の人の相続税や贈与税の負担を不当に減らす結果とならないこと
非課税の承認をうけた際でも次の1~3にあてはまるときには、国税庁長官はその非課税の承認を取り消すことが可能とされています。
1.寄附財産が寄附のあった日から2年を経る日までの間に公益法人等の公益目的事業の目的に直接供されなくなったとき
2.寄附した財産が公益法人等の公益目的事業の用に直接供されなくなったとき
3.寄附した人の所得税の負担を不当に減らすまたは寄付した人の親族その他これらの人と特別の関係の人の相続税や贈与税の負担を不当に減らす結果となるときにあてはまるとき
以下は寄附財産が公益法人等の公益目的事業の用に直接供されなくなったときの例です。
・公益法人等が寄附財産を譲渡してその譲渡代金の全額を事業費として費消したとき｛一定の要件のもと譲渡した際は、その譲渡代金の全額をもって譲渡した寄附財産と同種の資産（買換資産）を得たときに限ってその買換資産を寄附財産とみなして承認を継続｝
・公益法人等が寄附財産（土地）を有料駐車場として使ったとき
・公益法人等が寄附財産を職員のための宿舎や保育所などの福利厚生施設として使ったとき
所得税や相続税、贈与税の負担を不当に減らす結果となる際に、公益法人等が寄附した人またはその親族などに以下の行為をするまたは行為をすると認められるときの例です。
・公益法人等がほかの従業員に比べ正当な理由もなく過大な給料等を支払っているとき
・公益法人等が有する施設を私事のために使っているとき
・公益法人等が有する財産を無償もしくは著しく低い価額で譲渡したとき
非課税の承認の取り消しがあった際には上記1～3にあてはまる区分ごとにそれぞれ以下の人に対し原則的に非課税承認の取り消された日の属する年の所得として所得税が課されます。
・1にあてはまるとき
→寄附した人に所得税が課されます。
・2にあてはまるとき
→公益法人等に所得税が課されます。
・3にあてはまるとき
→寄附財産が公益法人等の公益目的事業の用に直接供される前にあてはまる場合は寄附した人に、直接供された後にあてはまった場合は公益法人等に所得税が課税されます。
なお、国税庁長官の承認をうけようとする人は寄附した人が所得税の納税地の所轄税務署長に対して、寄附日から4か月以内に一定の承認申請書を出す必要があります。